A Sziklás Madonna címet Leonardo da Vinci két vallásos tárgyú képe is viseli: a korábbi, 1483 és 1486 között festett változatot a Louvre őrzi, a későbbi (1491-1508) pedig a Londoni Nemzeti Galéria gyűjteményét gazdagítja 1880 óta. Az infravörös fény alkalmazásával azt derítették ki, hogy a festmény alatt két másik vázlata rejtőzködik. Ezek egyike teljes mértékben különbözött a festmény tematikájától, míg a másik a Sziklás Madonna volt, ám lényeges eltérésekkel.

A Heródes elől Egyiptomba menekülő Szent Család egy sivatagi barlangban talált menedéket, és itt találkoztak a gyermek Keresztelő Szent Jánossal, valamint a védelmére rendelt arkangyallal. A festmény sziklás barlangot ábrázol a középen ülő Szűz Máriával. A Keresztelő Szent Jánosnak vélt gyermek fél térdre ereszkedve imádkozik, Mária pedig átöleli őt a jobb karjával. Másik oldalán, kissé távolabb, keresztbe tett lábbal ül Jézus. Szűz Mária lefelé fordított tenyere Jézus feje és az angyal kinyújtott ujja fölött van. Az angyal Jézus mögött ül, de a Mária jobbján ülő gyermekre mutat. A festmény második változatában a Mária jobbján lévő gyermek hosszú vörös keresztet tart.

A másfél évig tartó restaurálás során bebizonyosodott, hogy a festmény teljes egészében Leonardo da Vinci műve, s nem pedig asszisztenseivel festette, mint korábban a művészettörténészek feltételezték. A tévedést az okozta, hogy a képet valójában sohasem fejezte be a művész, így a festmény különböző részei különböző "készültségi fokot" mutatnak. Így az angyal kezét csupán vázlatosan festette meg, míg a főalakok fejét igen aprólékosan dolgozta ki.

A kép megtisztítása során újból napvilágra került számos olyan részlet, amelyek az 1948-49-ben felvitt lakkréteg alatt rejtőzködtek. Az elmúlt hat évtized alatt a fedőréteg igen rossz állapotba került, elhomályosítva a finom árnyalásokat, különösen a festmény sötétebb tónusú részein. Ez viszont kihatott a kép keltette térhatásérzetre.

A Sziklás Madonna szerdától látható ismét a Londoni Nemzeti Galériában. A festmény új keretet kapott, amelybe egy XV. század végéről származó olasz keret darabjait is beépítették - utóbbit speciálisan a Sziklás Madonna számára vásárolta az intézmény.