A GYSEV Zrt. valamint az ÁNTSZ Országos Tisztifőorvosi Hivatal közötti megállapodás a korábban a MÁV-val, valamint a MÁV-START-tal kötött szerződéshez hasonlóan a nemdohányzók védelméről szóló törvény betartását célozza. Az együttműködés eredményeként csökkenhet a dohányzási tilalmat megszegők száma vonatokon, a vasútállomásokon és a megállóhelyeken.

A megállapodás tartalmazza többek között, hogy a személyszállító vonatokon bármikor végezhetnek ellenőrzést a népegészségügyi szakigazgatási szervek hatósági ellenőrei. Az ellenőrzés idejére - jelezve azt a jegyvizsgálónak - menetjegy nélkül felszállhatnak a vonatra, és a vonaton tartózkodhatnak az ellenőrzés végéig. A vasúttársaságok az ÁNTSZ-szel közös ellenőrzéseket is szerveznek a jövőben. Ezek célja, hogy az illegális dohányzás megszűnjön a vonatokon, állomásokon.

A nemdohányzók védelméről szóló törvény értelmében 2012. január 1-től tilos a dohányzás minden személyszállító vonaton, állomásokon, megállóban, várakozó helyen. Emellett szintén tilos a dohányzás a nyílt légterű megálló, várakozó hely esetén annak külső határvonalától számított 5 méteres távolságon belül, valamint a vasúti üzemi létesítmények és a vasúti pálya tartozékainak személyforgalom számára megnyitott területein.